Outra evidência da evolução são os órgãos vestigiais , órgãos atrofiados , que não exercem mais sua função original , como o apêndice vermiforme humano e os ossos vestigiais de membros posteriores em algumas baleias e serpentes que indicam relações evolutivas entre as espécies. O apêndice vermiforme humano corresponde a uma projeção do intestino não ruminantes , pois, nesses animais , abriga microrganismos importantes para a digestão da celulose. Na espécie humana, essa função original do órgão foi perdida , o que o caracteriza como órgão vestigial. No entanto, um estudo recente sugere que ele pode colaborar em outras funções, por exemplo, na imunidade ou como um reservatório de bactérias que podem recolonizar o intestino. A presença de ossos vestigiais de membros posteriores em baleias e serpentes indica que esses animais descendem de espécies com pernas que se adaptaram a um novo modo de vida. Nas baleias , a perda das penas traseiras diminuiu o atrito com a água , tornando mais eficiente o deslocamento do animal ou ambiente aquático. Nas serpentes , essa perda pode ter facilitado o deslizamento do animal por fendas estreitas entre pedras e sua entrada em buracos no solo , por exemplo. Outro exemplo é o cóccix humano. Localizado na parte inferior da coluna vertebral e formado pela união de quatro ou cinco vértebras , é um órgão vestigial remanescente de cauda. Há pessoas que, inclusive, possuem um pequeno músculo ligado ao cóccix , idêntico ao que movimenta a cauda em outros mamíferos , mas , nesse caso, sem função, já que o cóccix não se movimenta. Os olhos reduzidos de animais que vivem em cavernas ou sob o solo também são órgãos vestigiais.
A atrofia dos olhos , nesse caso, pode ter representado uma vantagem adaptativa , pois seu desenvolvimento significaria desperdício de energia (uma vez que não há luz no ambiente desses animais) e, além disso, são órgãos que podem se ferir com facilidade em tais condições. Essa hipótese (vantagem adaptativa) também pode explicar a atrofia de outros órgãos , mas há casos em que ela pode ter ocorrido por sucessivas mutações nos genes que controlam o desenvolvimento do órgão em questão , que se acumularam ao longo do tempo por deriva genética , uma vez que não houve pressão seletiva para eliminá-las.
